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Macht dieser Stammbaum sinn ??


Guest Volker_Morath

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Guest Volker_Morath

Ich habe mal was ausprobiert und würde jetzt gerne wissen in wie weit der Stammbaum der dabei entstanden ist Sinn macht.

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Guest Moritz Lònyay

Hi,

bei mir kommen irgentwie nur schwarze Rechtecke...:roll::-?

Gruß, Moritz

Bei mir auch, wenn man auf die Anhänge klickt, geht es aber. Gruß, Georg :-)

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Hi,

bei mir gehts, nur fragste mit mir den Falschen, was dieses Thema angeht. Wie hast du denn diesen Stammbaum erarbeitet?

Grüße Björn

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Andreas Fleischmann

Hallo!

Hast du den Stammbaum aus eigenen Daten selbst errechnet? Oder aus Fernandos Datenmatrix erstellt? (Die Artenzusammenstellung kommt mir nämlich so vertraut vor). Basiert er auf morphologischen oder molekularen Daten, oder ist es sogar ein "combined tree"?

Die Monophylie der australischen Droseras hat Fernando ja bereits in seiner Arbeit gezeigt, auch sonst hast du ja fast immer die selben Gruppierungen erhalten wie er. Dass bei dir allerdings die südamerikanischen Arten der Sektion Drosera so verstreut werden, kann nicht ganz stimmen, v.a. die Arten des D. montana-Komplexes (der mit Sicherheit in die Nähe vom D. villosa-Komplex gehört) sollten eigentlich im selben "Clade" landen.

Wie hast du dir die Länge deiner Äste (sprich das evolutive Alter der jeweiligen Art) errechnet?

Warum "wurzelst" du deinen Baum nicht noch mit einer Außengruppe (z.B. Dionaea)? Oder um es wissenschaftlich zu sagen: "rooted phylogenetical tree" mit "outgroup" ;-)

Andreas

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Guest Volker_Morath

Also, dann werd ich mal mehr Infos liefern.

Das mit dem Wurzeln des Baumes ist richtig, mach ich auch gleich noch mal.

Das liegt halt daran, dass ich kein Profi bin, sondern nur einfacher Abiturient und wir Phylogenie grade in Bioinformatik durchnehmen und mir ein einfacher Vergleich von Hund Katze Maus zu langweilig war.

Also hab ich mir das alles selber angeeignet und möglichst viele vergleichbare Gendaten von Karnivoren gesammlet (vor allem chloroplast ribulosebisphosphate carboxylase (rbcL) gene)

Von diesen habe ich dann mit ClustalX ein multibles Alignment erstellt und es dann mit treeview angeschaut.

Somit ist es ein rein genetischer Stammbaum.

Die Arbeit die auch angesprochen wurde habe ich noch nie gesehen (wohl zu wenig informiert) habe aber nichts abgeschrieben, aber da "Chromas" ja eines der geläufigsten Gene für die Phylogenie ist ist das nicht verwunderlich.

Ich wollte eigentlich nur eine Bestätigung, dass das Ding einigermaßen hin haut und nicht völliger Schwachsinn ist.

Volker

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Andreas Fleischmann

Hallo Volker,

ich hoffe du verstehst mich im Folgenden (und alle anderen Forumsteilnehmer wird das sowieso nicht interessieren ;-))

(Thomas, ich freue mich, dass wir das beide gleich sehen! ;-))

Also hast du doch Fernandos Daten verwendet, wenn du die rbcL-Sequenzen aus dem Netz hast! ;-)

Dazu einige Anmerkungen:

1. Die veröffentlichten rbcL-Sequenzen sind nicht korrigiert, sprich das Alignment hat noch einige Fehler.

2. Stammbäume, die nur aufgrund eines Genes (Markers), also wie hier der rbcL-Baum, errechnet wurden, finden heutzutage kaum mehr Beachtung. Standart sind etwa 5 verschiedene Genorte. Und ich persönlich gewichte diese immer noch gleich mit einem Baum, den ich anhand morphologischer Merkmale erstellt habe.

3.Das rbcL-Gen ist wenig variabel, und gibt deshalb nur Aufschluss über die Verwandschaft von Großgruppen. Um Artkomplexe auszuschlüsseln wären weitere Gene, die schnellere Mutationsraten haben, nötig, z.B. internal spacer (its) oder Kern-Gene, wie trnK.

4. Wenn du's ganz genau (wissenschaftlich) machen willst, müsstest du deinen Stammbaum (der ja nur eine WAHRSCHEINLICHKEITSAUSSAGE ist, begründet auf mathematischen Axiomen) auch noch statistisch überprüfen (Juuu! ;-)). Ich empfehle "bootstrap-support" und "jackknifing", falls dir diese Rechenmethoden ein Begriff sind.

Alles Gute,

Viel Spaß damit,

Andreas

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Guest Volker_Morath

Vielen Dank für die Schnelle Antwort, klar ist das ding nicht 100%ig (wohl nicht mal 80 ;). DAs stellt man schon fest wenn man mal versucht eine andere Art (ich habe Byblis liniflora und Nepenthes Alata verwendet) in das Alignment einzubauen. Man kommt zwangsläufig zu dem Ergebnis, dass die Beiden Arten sehr nache zu anderen Drosera Arten verwandt sein müssen.

Das mit den anderen Genorten hört sich sehr logisch an, aber 2 bzw 3 Probleme:

1. Ich finde keine anderen Genorte (bei NCBI) bei denen ich alle Arten weiterhin im STammbaum vergleichen könnte.

2. Habe ich nur Freeware Programme, da kann man nicht mal die FAsta-DAteien umbenennen, also ist das wohl ein ganz schöner Krampf.

(3.)Habe ich auch nicht mehr so viel Zeit, das ABI ruft und ich sollte mal was lernen.

Das ganze ist nur für Jugend Forscht, weil ich dort eigene Peptidsequenzen bekommen habe und diese dann nicht offen im Raum stehen lassen wollte sondern erklären wie man diese jetzt verwenden kann.

Aber mal wieder stellt sich heraus wie genial die GFP ist, so eine Community gibt es selten.

Volker

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